โรงเรียนเอกชัยก่อตั้งเมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม พ.ศ. 2503 โดยนายเจียม  ปัญจพรรค์ และนางนวม  จันทร์ภักดี บริจาคที่ดินให้รวม 7 ไร่  2 งาน 98 ตารางวา  เปิดสอนชั้น ม.1 จำนวน 3 ห้องเรียน มีนางสาวพรเพ็ญ ปทุมสิริ  รักษาการในตำแหน่งครูใหญ่คนแรก และในปีนี้เองได้รับงบประมาณจากกรมสามัญศึกษา  เป็นจำนวนเงิน  50,000 บาท  ก่อสร้างอาคารเรียนแบบ 014 ขนาด 3 ห้องเรียน เป็นอาคารไม้ มุงสังกะสี เนื่องจากจำนวนนักเรียนมากขึ้น
            - กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2518  นางวิวรณ์  ระวิวงษ์  รักษาการในตำแหน่งอาจารย์ใหญ่แทนนางสาวพรเพ็ญ  ปทุมสิริ  ซึ่งไปช่วยราชการที่กรมวิชาการ
            - มิถุนายน พ.ศ. 2521  นายเกษม  ไพจิตต์  มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่  และได้เปิดทำการสอน    ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 – 6 
- พ.ศ. 2523  นายเดโช  บุณยภักดิ์  มาดำรงตำแหน่งอาจารย์ใหญ่ 
- วันที่ 16 ตุลาคม พ.ศ.2529  สำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติ มีคำสั่งให้นายปกรณ์  นิยมศิลป์  มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนเอกชัย
            - วันที่ 1 ตุลาคม พ.ศ.2541 สำนักงานคณะกรรมการการประถมศึกษาแห่งชาติมีคำสั่งให้ นายปกรณ์  นิยมศิลป์  ไปดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนวัดป้อมวิเชียรโชติการามและนางสาววาสนา เดชอุดม ผู้อำนวยการโรงเรียนวัดหลักสี่ราษฎร์สโมสร  มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนเอกชัย
            - วันที่ 1 ธันวาคม พ.ศ. 2551 สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาสมุทรสาคร แต่งตั้งนายสมชัย ชวลิตธาดา ผู้อำนวยการโรงเรียน
วัดศรีสำราญราษฎร์บำรุง  มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนและนายปราโมทย์  พิพัฒน์วัฒนา  ตำแหน่งรองผู้อำนวยการ โรงเรียน
วัดใหม่หนองพะอง มาดำรงตำแหน่งรองผู้อำนวยการโรงเรียนเอกชัย 
             - วันที่ 21 พฤศจิกายน พ.ศ. 2562 สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสมุทรสาคร แต่งตั้งนางสาวมะลิ  คงสกุล  ผู้อำนวยการโรงเรียนวัดป้อมวิเชียรโชติการาม  มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนเอกชัย
             - วันที่ 12 ตุลาคม พ.ศ.2564 สำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาสมุทรสาคร แต่งตั้งว่าที่ร้อยตรีกฤตนัน ศิรพึ่งเงิน
ผู้อำนวยการโรงเรียนวัดโพธิ์แจ้ (มาลีราษฎร์บำรุง)  มาดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการโรงเรียนเอกชัย